Il coordinamento nella promozione e conduzione di R&S in Repubblica Ceca vede coinvolti il Governo - con un Consiglio apposito - il Ministero dell'Educazione, il Ministero dell'Industria, l'Accademia delle Scienze e altre Fondazioni ed Agenzie; a queste si aggiungono le singole Università.
La Repubblica Ceca promuove attivamente la ricerca, lo sviluppo e l’innovazione tramite numerosi strumenti finanziari, oltre che con investimenti diretti di oltre 1 miliardo di dollari l’anno. I Fondi statali  sono gestiti prevalentemente dal Ministero dell’educazione, dal Ministero dell'Industria, dalla Fondazione Ceca per le scienze e dell'Agenzia Ceca per la Tecnologia.
I principali programmi finanziati dalla Repubblica Ceca sono: il programma DELTA, varato per la cooperazione bilaterale in ricerca applicata e sviluppo sperimentale in collaborazione con varie istituzioni straniere e col sostegno dell'Agenzia Ceca per la Tecnologia; l’INTER EXCELLENCE PROGRAMME, un programma sfaccettato focalizzato sulla collaborazione bilaterale e multilaterale nella R&S, mobilità e network; il programma EPSILON focalizzato sulla collaborazione tra aziende e centri di ricerca nell’ambito della ricerca applicata e dello sviluppo sperimentale, e il programma TREND che supporta la ricerca applicata e lo sviluppo sperimentale di tecnologie.
In merito al finanziamento dell’Unione Europea, esso riguarda principalmente i fondi strutturali finalizzati all’attuazione della Strategie UE 2020 per la crescita. Tali fondi sono gestiti da appositi enti pubblici che li erogano attraverso programmi specializzati. Nel campo della R&S, questi sono il Ministero dell'Educazione, l'Agenzia di attrazione investimenti - Czech Invest e il Comune di Praga, che hanno in carico un programma ciascuno. Va sottolineato che la Repubblica Ceca ha usufruito dei fondi europei per gli investimenti nei programmi di ricerca e innovazione sin dall’entrata nell’UE nel 2004.
Tra i vari enti di ricerca, l'Accademia delle Scienze è uno dei più rilevanti, con 54 Istituti di ricerca e più di 4.000 ricercatori molti dei quali specializzati nel settore STEM.  L'Università Ospedaliera del Sant’Anna di Brno ha recentemente ottenuto una concessione di circa 100 milioni di euro per la costruzione di un Centro d'Eccellenza Europeo, dedicato alla prevenzione, diagnosi e cura di malattie cardiovascolari e neurologiche.
Il Governo ceco ha inoltre lanciato un piano per lo sviluppo di capacità industriali 4.0, sia nelle sue componenti principali (robotica, IT, cyber-security e data-protection e stampanti 3D) sia nella formazione teorica e pratica dell'imprenditoria rispetto alle sfide che la nuova rivoluzione industriale comporta, come il passaggio da "Made in" a "Made by".
Tra le principali sfide per il futuro, si segnala il potenziamento di Horizon 2020 con il programma Horizon Europe che con un budget di 100 miliardi di euro per il framework finanziario pluriennale 2021-2027 costituisce il programma di finanziamento alla ricerca e all’innovazione più ambizioso di sempre.

Approfondimenti settoriali
I principali attori coinvolti nell’ambito di Ricerca e Sviluppo in Repubblica Ceca sono:
-    Il Governo ceco, al cui interno è operativo un ufficio dedicato a scienza, ricerca e innovazione che si occupa di gestire, coordinare ed unificare le politiche scientifiche del Paese, assicurare finanziamenti trasparenti alle istituzioni coinvolte, identificare i centri di eccellenza, espandere la cooperazione scientifica internazionale, rafforzare la cooperazione tra le istituzioni accademiche e il settore imprenditoriale.

-    Il Consiglio per la Ricerca e lo Sviluppo, che funge da organo consultivo per il governo.

-    Il Ministero dell’Educazione, dei Giovani e dello Sport è l’ufficio centrale amministrativo responsabile per la R&S in Repubblica Ceca. Si concentra sul policy-making, cooperazione internazionale e implementazione delle decisioni e amministrazione di alcuni fondi dedicati alla R&S.

-    Il Ministero dell’Industria e del Commercio si occupa dell’amministrazione della R&S in tutti i settori industriali e commerciali.

-    L’Accademia delle Scienze è formata da 54 istituzioni pubbliche per la ricerca e conta più di 8000 ricercatori al suo interno, tra cui specializzati in materie STEM e docenti di chiara fama. L’Accademia conduce ricerche in numerosi settori e assicura articolate forme di collaborazione a partener stranieri per promuovere progetti internazionali di alto livello.

-    La Fondazione Ceca per la Scienza supporta attività di ricerca in Repubblica Ceca e promuove forme di collaborazione internazionali a livello bilaterale e multilaterale. Inoltre, fornisce supporto finanziario ai progetti di ricerca.

-    L’Agenzia per la Tecnologia della Repubblica Ceca è un’organizzazione statale che supporta e finanzia la ricerca e lo sviluppo sperimentale, fornendo anche assistenza legale e finanziaria nell’ambito della protezione della proprietà intellettuale.

-    Le Università rappresentano una parte essenziale del sistema di infrastrutture attivo nell’ambito R&S in Repubblica Ceca. Un esempio del lavoro di R&S svolto dalle università è quello di un gruppo di ricercatori all’Università Karlova di Praga, che da qualche anno studia materiali d'avanguardia (Dirac materials) per simulare fenomeni fisici estremi, come i buchi neri.

Le politiche governative di R&S in Repubblica Ceca si basano su una serie di documenti e regole, tra cui:
-    L’Atto n. 130/2002, il documento quadro che definisce le politiche di R&S nel Paese, le principali forme di finanziamento, gli organi governativi responsabili e le procedure per l’assegnamento e l’utilizzo dei finanziamenti.
-    La Strategia nazionale per la Ricerca e l’Innovazione, detta anche National RIS3, un documento strategico creato dal Ministero dell’Industria e del Trasporto il cui scopo è supportare la R&S attraverso l’individuazione di finanziamenti europei, nazionali, regionali e privati nei settori dell’Innovazione e della Ricerca.
-    Il Piano Nazione per la Ricerca, Sviluppo e Innovazione della Repubblica Ceca 2021+, una strategia nazionale per garantire prosperità, potenziare l’economia dell’innovazione e rendere il Paese competitivo a livello internazionale attraverso 5 obiettivi strategici e 28 azioni di implementazione, con tempistiche, indicatori di avanzamento e partner.
-    Il documento Strategia per l’Innovazione della Repubblica Ceca 2019–2030, elaborato dal Consiglio per la Ricerca e lo Sviluppo, con un team di imprenditori, scienziati, accademici e rappresentati della PA. Il documento delinea le priorità per rendere la Repubblica Ceca uno dei paesi più innovativi in Europa entro il 2030. Gli obiettivi designati prevedono il raggiungimento del 3% del PIL per il settore R&S (ora all’1,79%), il rafforzamento delle istituzioni di ricerca attraverso Horizon Europe, l’incremento dei fondi europei per la ricerca, la velocizzazione del processo di assunzione di personale straniero altamente qualificato.